El-færgen får en samlet batterikapacitet på 4.3 Mega-Watt-timer, hvilket svarer til ca. 28.000 plæneklipper-batterier eller 50 elbiler model TESLA S.

Vægten af batterierne formodes at blive på cirka 56 tons. Til gengæld spares vægt af brændstof og dieselmotorer.

Batterierne er 4 gange større end på den norske el-færge, 'Ampere', på ruten Lavik-Oppedal. Dermed haves en stor reservekapacitet på alle tider af arbejdsdagen.

Det ærøske valg af store batterier skyldes dog hovedsageligt, at man vil sikre batterierne en lang levetid på op til 10 år. I de store batterier udvikles ikke så høje temperaturer under brug. Samtidig aflades ikke så dybt, hvilket øger levetiden og sikkerheden. Endelig er der mere i reserve ved uregelmæssigheder.

El-færgen lader gennem kraftige stik, der tilsluttes fuldautomatisk, når færgen kommer i havn i Søby. Der kan lades på batterierne med op til 4,4 MW. 

El-færgen vil altid, ligesom en dieselfærge, have en reservekapacitet, der sikrer, at den kan nå i havn eller deltage i brandslukning i mange timer, også selvom sektioner af batteripakkerne eventuelt svigter. Risikoen for, at el-færgen kommer til at ligge stille i søen vurderes at være lavere end for en tilsvarende konventionel færge med dieselfremdrift.

Maskin- og batterirum er hver delt op i to vandtætte rum, og ligger beskyttet centralt i færgen, og er delt i 20 uafhængige og vandtætte blokke, hvorfra hver blok kan sættes til at drive de to uafhængige elmotorer.

Som for diesel og andre brændstoffer, er energien i batterier oplagret som kemisk energi. Energitætheden i et batteri er endnu langt under 1/10 af energimængden i en tilsvarende mængde oliebrændstof. 

Ved kemiske reaktioner med ilt kan olie brænde, mens litium-ion-batterier kan kortslutte eller brænde ved kemiske reaktioner med blandt andet saltvand. Under de rette (eller forkerte) omstændigheder kan både olie og batterier udgøre en eksplosions-risiko, som man i skibsdesignet på forskellig måde forsøger at imødegå.

Temperaturen i el-færgens batteri er afgørende for såvel sikkerheden som batteriets levetid og ydeevne. Designet af E-ferry sikrer en optimal og redundant (flerdobbelt) kontrol af batteriernes temperatur. Selve de fysiske valg af den store batteristørrelse, og den termisk langsomme batteritype, sikrer en relativt lille opvarmning af batteripakkerne arbejdsdagen igennem. Dertil kommer fire lag af kontrolsystemer.

På celleniveau er hver lille battericelle sikret med en fysisk sikring. Samtidig er hver batteripakke sikret med såvel fysiske sikringer som elektronisk styret temperaturkontrol af batteripakken via en række censorer og et kølesystem. Hver batteristreng forsynes gennem en konverter, der hele tiden kan tilpasse den individuelle strøm til og fra denne streng. Endelig har el-færgen et overordnet batteri- og el-styringssystem, der aktivt forsøger at forudsige behov og temperaturudviklinger i alle undersystemer via kendskab til arbejdsdagens operationsprofil.