Elfærgen har en samlet batterikapacitet på 4.3 MWh, hvilket svarer til ca. 28.000 plæneklipper-batterier eller batterierne i 50 Tesla S elbiler.

Vægten af batterierne er på i alt 56 tons, fordelt i to helt adskilte batterirum.

Elfærgen er desiget med ekstra batterikapacitet. Udover at holde reservestrøm til nødsituationer, medvirker overskuddet i kapacitet til at de enkelte batterierne ikke lades og aflades så hurtigt, dermed slides de mindre. Således sikres det at batterierne har op til 10 års levetid.

Elfærgen lader gennem et kraftigt stik, der tilsluttes fuldautomatisk ved hjælp af en robotarm, når færgen kommer i havn i Søby. Laderen har 4 ladelinjer, og kan levere en peak charge på 4,4 MW. Der lades med 4800 ampere, 1200 ampere pr. ladelinje.

På grund af den kraftige lader kan samtlige batterier i princippet lades på en time, men i praksis oplades batterierne langsommere, for at  undgå at slide unødigt på batterierne.

Elfærgen vil altid, ligesom en dieselfærge, have en reservekapacitet, der sikrer, at den kan nå i havn eller deltage i brandslukning i mange timer, også selv hvis sektioner af batteripakken svigter.

Risikoen for, at elfærgen kommer til at ligge stille i søen vurderes at være lavere end for en tilsvarende konventionel færge med dieselfremdrift.

Maskin- og batterirum er hver delt op i to vandtætte rum, der ligger beskyttet centralt i færgen.

Ligesom i tilfældet med diesel og andre fossile brændstoffer, er energien i batterier oplagret som kemisk energi. Energitætheden i et batteri er dog endnu langt under 1/10 af energimængden i en tilsvarende mængde oliebrændstof. 

Under visse omstændigheder kan både fossile brændstoffer og batterier udgøre en eksplosions-risiko, som man i skibsdesignet på forskellig måde imødegår.

Designet af moderne maritimt godkendte batterier, og elfærgens mange sikkerhedssystemer og computersystemer gør dog en egentlig batteribrand til en meget usansynlig hændelse.

Temperaturen i elfærgens batterier er afgørende for såvel sikkerheden som batteriernes levetid og ydeevne. Selve de fysiske valg af den store batteripakke, og den termisk langsomme batteritype, sikrer en relativt lille opvarmning af batteripakkerne arbejdsdagen igennem. Desuden sikrer designet af E-ferry en optimal og redundant (flerdobbelt) kontrol af batteriernes temperatur. Dertil kommer fire lag af kontrolsystemer.

På celleniveau er hver lille battericelle sikret med en fysisk sikring. Samtidig er hver batteripakke sikret med såvel fysiske sikringer som elektronisk styret temperaturkontrol af batteripakken via en række sensorer og et kølesystem.

Hver batteristreng forsynes gennem en konverter, der hele tiden kan tilpasse den individuelle strøm til og fra denne streng. Endelig har elfærgen et overordnet batteri- og el-styringssystem, der aktivt forsøger at forudsige behov og temperaturudviklinger i alle undersystemer via kendskab til arbejdsdagens operationsprofil.