El-færgen forventes at sættes i drift med passagerer, biler og gods, først på ruten Søby-Fynshav (10,7 sømil), og på sigt vil Ellen også sejle på ruten Søby-Fåborg (9,6 sømil). Færgelejerne er tilpasset i både Faaborg og Fynshav, således at el-færgen kan lægge til i begge havne, men det forventes primært at være Fynshav, der bliver Ellens destination. 

Overfartstiden fra Søby til Fynshav reduceres fra 70 minutter til ca. 55 minutter afhængigt af sejlretningen. På ruten fra Søby til Fåborg kan turen gøres på ca. 50 minutter.

El-færgen vil lade i Søby på Ærø. Det er her elfærgen ligger i havn om natten. Det forventes, at cirka 1/3 af el-færgens daglige energibehov lades om natten, mens 2/3 lades under færgens havneophold i Søby i løbet af dagens drift.

Vindmølleproduktionen på Ærø kan i dag dække omkring 125 % af øens elektricitetsbehov. Det betyder, at der er overskud til at dække det energiforbrug, som el-færgen har behov for årligt. Når vinden ikke blæser, vil elektriciteten komme gennem søkablet til Ærø. Dette kabel har rigelig overskudskapacitet til at kunne håndtere det ekstra behov, når el-færgen lader for fuld kraft.

Med en ”dobbelt-ender” kan man spare tid ved havnemanøvrer, men da fremdriftsmodstanden er betydeligt større end for en optimeret ”enkelt-ender”, vil det samlede energiforbrug blive større og overfartstiden øges.

Placering af passagersalonen i niveau med vogndækket er valgt fordi:

• Passagerer slipper for elevator og trapper
• Det er nemmere at afsøge passagerområder ved nødstilfælde
• Salonen er tæt ved udskibningsstedet med direkte adgang til redningsflåder
• Der spares vægt i konstruktionen
• Færgen får mindre vindareal (bedre manøvreegenskaber og stabilitet).

Hvis vogndækket overdækkes helt eller delvist, er der krav om, at der skal være en inderport i forenden agten for bovvisiret. Denne vil blive undgået af følgende grunde:

• Det er ikke hensigtsmæssigt i forbindelse med nuværende planer om ikke at have landklap ombord
• Der spares vægt i konstruktionen
• Det er ikke nødvendigt at installere vogndæksventilation.

Der er opmærksomhed på risiko for røgvand på den forreste del af vogndækket, men med en bovhøjde på 5,45 meter over vandoverfladen, antages det ikke at blive et problem. 

Virkningsgraden af batteri- og elsystemet i E-ferry er meget bedre end for en konventionel færge med forbrændingsmotorer. Det betyder, at der kun er meget lidt spildvarme til opvarmning af el-færgen. Derfor forsøges det, at indvinde al varme fra batterier, konvertere og elmotorer. Men i perioder må suppleres med en varmepumpe, der ved hjælp af batteristrøm trækker ekstra varme ud af søvand eller luft. Samtidig arbejdes med ekstra isolering og valget af materialer i skibets aptering (saloner m.v.).